O monitoramento verificaria os riscos que corriam os corais da região caso acontecessem as obras de dragagem. Por sugestão do professor Clóvis de Castro, os corais ao norte de Caravelas também seriam monitorados, apesar de a corrente marítima ir de norte para sul e, portanto, a dragagem apresentar maior risco aos corais ao sul da cidade, como Nova Viçosa e Sebastião Gomes.
Coloca-se um copo no recife, depois ele é retirado e levado para o laboratório no Rio de Janeiro e seu conteúdo é analisado. Caso apresente sedimentos semelhantes aos retirados na região da dragagem, fica comprovado que a obra pode prejudicar o coral. As principais ONGs do sul da Bahia, ainda céticas, acompanhavam de perto o processo.
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